药剂科组建于1983年，下设门诊药房、住院药房、东南门诊药房、东南住院药房、药库、中药房、临床药学等7个部门。科室专业人员共有19名药师，其中18名药师为本科学历以上，博士1名、硕士3名、本科14名；副主任药师1名、主管药师8名、临床药师4名。担负着医院药品的采购、供应、调配，临床合理用药监控，为临床、患者提供合理用药咨询等工作。

科室为北京市药学质控中心妇幼药学质控组专家委员会副组长单位；科室人员兼任中国妇幼保健协会药事管理专业委员会常务副主任委员、秘书长；中国药学会医院药学专业委员会妇产科学组副组长；北京药学会感染性疾病药物治疗与风险管理专委会委员；北京药学会基层药学专委会委员。