妇女保健科组建于2010年5月，由群体保健科分出单独成科，科室7人，其中主任医师1人, 副主任医师3人，主治医师1名，医师2名,在海淀区妇幼保健院东南院区办公。2021年1月原“妇女保健科”分为“妇女保健科”和“孕产保健科”，妇女保健科现有医务人员3名（含科长1名），其中主任医师1人，医师2名。妇女保健科主要协助政府承担区域妇女保健管理工作，具体包括：计划生育技术服务工作管理、青少年保健管理、适龄妇女两癌免费筛查工作管理、妇女常见疾病防治工作管理等内容。目前管理的机构包括：计划生育技术服务机构39家（公立机构24家、民营机构15家），免费两癌筛查机构9家（公立机构7家、民营机构2家），免费两癌诊断机构5家（均为公立机构），18家‘女职工’两癌筛查备案机构，50家社区卫生服务中心。