1996年1月，保健部成立,设妇女保健科(科长刘惠岩)、儿童保健科(科长王洁荣)。

  1997年10月6日，成立生殖保健科,设妇女保健科(科长刘惠岩)、儿童保健科(科长王洁荣)、生殖保健科(孙永臻代)、健康教育科(单晋平)、体检中心、婚前保健科、口腔保健科、预防保健科八个科室。

  1998年3月，保健部调整科室，将负责全区工作的科室合并为妇儿生殖健康教育利<妇女保健、儿童保健、生殖保健、健康教育四个科室),加强了对全区的保健管理。

  2000年10月，根据要求，保健部下设生殖保健科(科长周钰)、健康教育科(科长张颖)、体检中心、婚前保健科、口腔保健科、预防保健科六个科室;同年宋世琴任副院长,主管保健工作，刘彦竞 聘保健部主任。

  2000年，小南庄社区站成立，实行防疫、妇幼保健、医疗、健康教育、康复为一体的社区服务模式，负责海淀街道居民的保健工作。

  2001年，妇儿生殖健康教育科调整为群体保健科，周钰任科长，张颖任副科长,主要负责全区的妇幼保健工作。

  2003年，抗击SARS爆发,保健部18名大夫参加海淀区120大队发烧病人的转运、密接流调、 疫地消毒等工作。

  2003年，积极参加院庆20周年活动,包括院内英语、计算机比赛，院合唱团活动。

  2003年7月，医院成立了儿童早期发展中心，不断增加科室业务开展和服务项目。

  2003年11月6日，新生儿疾病筛查足跟血片收取工作由区卫生局转入保健院,群体保健科承担，每周五将助产机构血片送北京妇产医院新筛中心,高危儿随访。

  2004年,组织专家起草《海淀区医疗保健机构静脉麻醉下人工流产负压吸引术管理规定(试行)》，获保健院新技术新业务鼓励奖。

  2005年，贯彻落实《北京市贫困孕产妇生育救助暂行办法确定区妇幼保健院和四季青医院为承担贫困孕产妇救助定点医院。

  2005 ~ 2006年，启用北京市妇幼保健网络(一期)信息系统，产科质量、围产、妇女病防治、计划 生育、婚检等报表在网上填报。

  2008年4月，我院正式成立预防保健科，从小南庄社区卫生服务站剥离。

  2008年保健部区域妇幼保健管理工作总结交流会,既总结了成绩也提出了问题，并提出了下一步工作设想，以后每年一次，延续至今。

  2010年1月，保健部及所属两保健科室首批喜迁东南院区。

  2010年10月，在我院启动“健康北京人一母婴健康行动'保健部组织落实，持续至今。

  2012年，启用北京市妇幼二期系统，分模块管理，开始个案录入。

  2014年，保健部牵头组织辖区机构参与全国妇幼健康技能大赛，分为围产保健、儿童保健、计划生育和妇女保健四个专业,海淀区在北京市妇幼技能竞赛决赛中获团体比赛三等奖，四人获得 单项奖，一等奖一名，二等奖两名，三等奖一名,我院妇女保健专业夏艳大夫代表北京市参加国家级比赛，且取得二等奖的好成绩。

  2014年，筹划成立三个“海淀区妇幼健康服务示范培训基地”,并于2015年授牌，北京大学第三医院——助产培训基地;中国人民解放军海军总医院——计划生育技术服务培训基地;北京市 海淀区妇幼保健院——两癌筛查培训基地。

  2015年，保健部牵头举办海淀区新生儿复苏大赛，助产机构组团参赛，由产科医生、助产士和新生儿科医生组成，经过培训、理论考核和临床操作技能大赛，海淀区妇幼保健院、北京大学第三 医院和海淀医院获得前三名好成绩,并代表海淀区参加北京市卫计委组织的新生儿复苏比赛，北京大学第三医院获得全市第一名，海淀医院获得第二名的好成绩。

  2016年1月1日，全面两孩政策实施，海淀区全力以赴应对分挽高峰;2016年10月起海淀区助产机构取消单间,16家公立助产机构增加床位189张,海淀区妇幼保健院增加床位40张，贡献 最大，产科医护人员及助产士也相应增加。

  2018年，国家卫健委、北京市卫计委先后下发《国家卫生计生委办公厅关于印发孕产妇妊娠风 险评估与管理工作规范的通知》(国卫办妇幼发[2017 ]35号)、《北京市卫生和计划生育委员会关于进一步做好孕产妇妊娠风险评估管理工作的通知海淀区结合本区实际情况出台《海淀区孕产 妇妊娠风险评估管理工作实施细则(试行)》,并分10组对助产机构和计划生育技术服务机构进行 全覆盖督导，助产机构督导以海淀区三家危重孕产妇抢救中心为依托进行督导，非助产计划生育技术服务机构增加院感督导内容,对宫外孕和高危人流患者加强随访，医政科和监督所协同督导, 目的是加强产科质量管理办公室职责，保障孕产妇安全。